일주기 리듬은 빛 같은 외부 신호에 맞춰 수면·각성, 체온, 호르몬 분비처럼 하루 약 24시간 주기로 반복되는 생리 변화를 조절하는 몸의 '생체시계'다. 이 리듬이 실제 명암·활동 주기와 어긋나는 상태가 이어지면 알로스타틱 부하가 커진다고 논의되며, 수면 부족은 통증 역치를 낮춰 같은 자극을 더 크게 느끼게 하는 방향으로 연구되어 통증과 양방향 관계로 다뤄진다.
일주기 리듬은 눈의 망막에서 감지한 빛 신호가 뇌의 시교차상핵으로 전달되며 맞춰지는 내부 시계로, 수면·각성뿐 아니라 심부체온, 코르티솔·멜라토닌 같은 호르몬 분비 시점까지 함께 조절한다. 시교차상핵은 뇌실 하나당 약 1만 개 남짓의 신경세포로 이루어져 있지만 포유류의 주된 생체시계로, 분리해 배양해도 스스로의 주기 리듬이 계속 유지된다. 리듬을 만드는 세포 수준의 전사·번역 피드백 고리와, 별아교세포가 이 시계의 일부라는 사실도 밝혀졌다. 빛 노출 시간, 식사 시간, 활동 시간, 사회적 일정이 이 시계를 실제 하루 주기에 맞추는 신호로 작용하며, 사람마다 선호하는 활동 시간대(아침형·저녁형)와 신호에 반응하는 정도는 차이가 있다. 이런 개인차는 의지나 생활 습관의 문제라기보다 리듬 자체의 생물학적 다양성으로 다뤄지며, 게으름의 근거로 삼지 않는다.
수면은 이 리듬 중 가장 눈에 띄는 축이면서 통증 민감도와도 맞물린다. 수면이 부족하면 통증을 느끼는 역치가 낮아져 같은 강도의 자극도 더 아프게 느껴진다. 실험적 수면박탈을 다룬 31편(건강인 699명·만성통증 환자 47명)을 모은 체계적 문헌고찰·메타분석에서는 건강한 사람에서 완전 수면박탈이 통증 역치와 내성을 유의하게 낮추고(효과크기 0.74~0.95), 부분 수면박탈과 수면 조각화도 자발통 강도와 감작을 키우는 것으로 나타났다. 다만 하루 피로감이나 하룻밤 잠들기 어려웠던 경험 하나만으로 리듬 전체가 망가졌다고 결론짓지는 않는다. 리듬의 어긋남을 살피려면 수면 시간·기상 시간, 낮 동안의 빛 노출과 활동, 주말과 평일의 시간 차이, 야간 빛 노출이나 교대 근무 일정처럼 반복되는 패턴을 함께 봐야 하며, 일주기 리듬을 한 번에 '정상화'한다는 표현보다는 이런 시간 패턴이 얼마나 일관되는지를 보는 쪽이 더 정확하다.
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